По финансовым причинам «Автомобилист» не сумел заявиться в группу А зоны «Подмосковье» КФК и с 2003 по 2005 год участвовал в турнире группы Б, где занимал места в середине таблицы.
В 2006 году был объединен с другим клубом из этого же дивизиона — ногинским «Мосэнерго» и преобразован в футбольный клуб «Ногинск», позже получивший имя Григория Федотова.
В 2010 году клубу вернули историческое название «Знамя». Команда приняла участие в зоне «Б» 1-й группы Первенства Московской области. Одержав победу в турнире, ногинчане получили право на следующий год участвовать в высшей группе Чемпионата Московской области.
В 2010 году была разработана текущая эмблема клуба, основными элементами которой являются щит красного и золотого цветов. На левой стороне щита в золотом поле находятся шесть геральдических фигур (сквозных ромбов) — традиционный символ ткачества, которым издавна славились Богородские земли. Золото — символ урожая, богатства, стабильности, уважения, интеллекта, тепла и энергии. Красный цвет — символ мужества, силы, труда, красоты и праздника. Правую сторону щита занимают красные полосы, указывающие на территориальную принадлежность клуба к Московской области. На их фоне изображен футбольный мяч с покрышкой из натуральной кожи, символизирующий богатую историю, преемственность и традиции богородского (ногинского) футбола. Верхняя часть эмблемы занята стилизованной надписью "Футбольный клуб «Знамя». Щит обрамлен лентой красного цвета с надписью «Ногинск» под которой указана дата создания первой футбольной команды Глуховской мануфактуры — 1911 год.